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Qu’est-ce que la grappe de calcul de CAO de CMC?
La grappe de calcul de CAO de CMC est un groupe dédié de serveurs permettant aux chercheurs d’améliorer la performance des grosses tâches de calcul. Pour une description complète de la grappe de calcul de CMC, visitez le site Bloc de calcul informatique pour CAO – CMC MicrosystemsQui peut utiliser la grappe de calcul de CAO?
Toute personne détenant un compte CMC associé à un abonnement de niveau « Recherche » peut utiliser la grappe de calcul de CAO.Comment utiliser la grappe de calcul de CAO?
Création d’une instance
Pour créer une instance de grappe de calcul de CAO :- Allez au site https://vcad.cmc.ca
- Sélectionnez l’onglet Create My Instance (créer mon instance), puis cliquez sur Create Instance (créer une instance).
Connexion à votre instance
Entrez la commande suivante :$ ssh -p port_number uwhpc.cmc.ca -l votre_nom_cmc_enregistré
Initialisation de votre environnement dans la grappe de calcul de CAD
Après votre connexion à des nœuds de connexion de calcul de CAO de CMC, vous devrez exécuter un script qui crée une paire de clés SSH et un espace temporaire qui vous est réservé. Vous pourrez alors soumettre vos tâches à la grappe et spécifier votre espace temporaire pour la simulation. Entrez la commande suivante :$ /home/scripts/setsshkey
Pour utiliser un espace temporaire dans le cadre de votre simulation, par exemple si vous exécutez une simulation COMSOL, ajoutez ce qui suit à votre commande ou dans vos scripts :-tmpdir /scratch/$USER
Remarque : Enregistrez vos projets dans votre répertoire personnel, qui est conservé en permanence. Votre répertoire personnel présente une limite de stockage de 80 GB. À l’approche de cette limite, sauvegardez le contenu sur votre ordinateur local et libérez de l’espace dans votre répertoire personnel.Réalisation d’une conception dans le nuage informatique de CMC et transfert de fichiers
- Allez au site https://vcad.cmc.ca, créez une instance et nommez-la My Linux CAD Workstation.
- Si votre fichier de projet se trouve sur votre système local, utilisez la commande scp ou sftp pour le copier vers votre répertoire mydata sur My Linux CAD Workstation.
- Après avoir terminé votre conception, copiez celle-ci vers la grappe de calcul de CAO de CMC en tapant la commande suivante :
$ scp -P 223 votre_nom_de_conception_de_fichier votre_nom_cmc_enregistré@uwhpc.cmc.ca:~
Où votre_nom_cmc_enregistré est votre nom d’utilisateur pour vous connecter à https://vcad.cmc.ca/, par exemple owain.jones@cmc.ca.
Réalisation d’une conception sur votre ordinateur personnel et transfert de fichiers
Utilisez Secure Copy (scp) ou FileZilla (sftp) pour téléverser votre conception et télécharger vos résultats de simulation. Pour les instructions, consultez Uploading a Simulation File to the CAD Compute Cluster (téléversement d’un fichier de simulation vers la grappe de calcul de CAO). Les informations de connexion, comme le nom d’hôte et le numéro de port, sont accessibles à partir de https://vcad.cmc.ca dans Connection Method (méthode de connexion) sous Connect Using SSH for Linux & UNIX (connexion au moyen de SSH pour Linux et Unix).Consultation de vos résultats de simulation
La grappe de calcul de CAO de CMC utilise un mode d’exécution par lot sans interface graphique. Ainsi, si vous avez besoin d’une interface graphique, vous aurez besoin d’un autre système (votre ordinateur personnel ou une instance du nuage informatique de CMC) pour ouvrir vos résultats de simulation.Transferts des résultats vers votre ordinateur
Pour transférer les résultats, utilisez le logiciel de client sftp (par exemple, FileZilla; Windows 10 présente également une commande scp intégrée) installé sur votre ordinateur ainsi que les informations de connexion à votre instance de grappe de calcul de CAO. Consultez la figure 1 pour un exemple d’utilisation de la commande scp sous Windows 10 permettant de copier le fichier du résultat de la simulation /home/xxxx/comsol/Output_148.out à partir d’une grappe de calcul de CAO vers le poste de travail.
Figure 1 : Utilisation de scp pour copier un fichier de résultat de simulation
Transfert des résultats vers votre instance du nuage informatique de CMC
À partir de votre instance du nuage informatique de CMC, par exemple My Linux CAD Workstation (Centos 7), ouvrez une fenêtre de terminal, puis exécutez la commande scp suivante :$ scp -P 223 votre_nom_cmc_enregistré@uwhpc.cmc.ca:/home/xxxx/comsol/Output_148.out .
Programmateur de tâches
Pour utiliser le programmateur de tâches, utilisez la suite IBM Spectrum Load Sharing Facility (LSF) pour HPC.Pour soumettre une tâche à la grappe :
$ bsub -I « date »
Ce qui suit est un exemple de sortie :Job <15379> is submitted to default queue .
<>
<>
Mon Apr 25 16:25:58 EDT 2022
Pour déterminer les ressources de calcul disponibles : $ bhosts Ce qui suit est un exemple de sortie :HOST_NAME STATUS JL/U MAX NJOBS RUN SSUSP USUSP RSV
uwmhpc01 ok – 32 24 24 0 0 0
uwmhpc02 ok – 32 16 16 0 0 0
uwmhpc03 ok – 32 0 0 0 0 0
La sortie inique que le calcul uwmhpc01 dispose de 8 cœurs, uwmhpc02 de 16 cœurs, et uwmhpc03 de 32 cœurs disponibles pour une soumission de tâche. Pour afficher et filtrer les informations de tâche LSF :$ bjobs 1627
Ce qui suit est un exemple de sortie :JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME
1627 v32925@ DONE adept login3 uwmhpc03 *ame; date Aug 26 12:02
Pour tuer votre tâche actuelle :$ bkill 1627
Pour afficher les informations historiques de tâche LSF :$ bhist 1627
Ce qui suit est un exemple de sortie :Summary of time in seconds spent in various states:
JOBID USER JOB_NAME PEND PSUSP RUN USUSP SSUSP UNKWN TOTAL
1627 v32925@ *e; date 0 0 6 0 0 0 6
Pour de plus amples informations à propos du programmateur de tâches LSF, consultez : Programmateur de tâche LSF (Load Share Facility) : Commandes pour configurer votre environnement.Modules d’environnement
CMC utilise des modules d’environnement pour configurer le système et l’environnement permettant d’exécuter les outils de CAD connexes. Pour vérifier les modules disponibles :$ module available
Pour charger un module :$ module load ansys/19.4
Pour consulter les modules chargés :$ module list
Ce qui suit est un exemple de sortie :Currently loaded module files:
1) ansys/19.4
Pour annuler le chargement d’un module existant :$ module unload ansys/19.4